Phần tiếp theo của Star Trek xoay quay những nỗ lực chống lại thế lực khủng bố nhằm phá hoại mọi thành quả của tổ chức khi phi hành đoàn tàu Enterprise quay trở về Trái Đất. Bất chấp những luật lệ và với bản năng mách bảo, thuyền trưởng Kirk dẫn một đoàn người đến vùng tranh chấp (war-zone) để tìm kiếm một thứ vũ khí hủy diệt do một người điều khiển. Khi những người hùng bị đưa đẩy đến một cuộc chơi sống còn, tình yêu sẽ phải trải qua thử thách, tình bạn sẽ phải chia lìa, và hy sinh là điều cần thiết vì gia đình duy nhất mà Kirk còn lại: đó là phi hành đoàn của anh.